③ 港口规划发展目标
根据《海南自由贸易港口岸布局方案》，南港应具备“二线口岸”海关监管能力。
预计到2025年，南港旅客吞吐量将达546万人次，离岛至内地旅客吞吐量将超过273万人次；货物吞吐量将达到2781万吨，离岛至内地货物吞吐量将超过1390.5万吨，根据货物、物品、人员、交通运输工具查验监管需要，参照《口岸建设标准》，应按照水运客运I级口岸（离岛旅客吞吐量≥30万人次/年）、水运货运II级口岸（500万吨/年≤离岛货物吞吐量＜3000万吨/年）进行口岸设施建设。
（3）差距对标分析
南港是内贸港口，目前未配套“二线口岸”查验基础设施。参照水运客运I级建设标准，需建设3230-3570平方米旅检大厅，850-950平方米海关业务技术设施，2910-3220平方米海事业务技术设施；参照水运货运II级口岸建设标准，需建设货物查验场地50350-63600平方米，海关业务技术设施2240-2500平方米，海事业务技术设施2360-2640平方米。另外，需增配联检单位需要的查验设备。
南港应按照联检单位需求建设非现场查验设施。
2.规划建设内容
“十四五”期间，南港的重点建设任务是南港“二线口岸”查验设施设备建设项目等。
--------《海南自由贸易港口岸建设“十四五”规划（2021-2025）》
规划文本中仅有水运口岸和航空口岸，并无铁路口岸规划。因此客运方面需在南港统一下车经过海关并换乘船舶至北港换乘列车北上，在此种情况下传统的列车上船模式已不能满足需求，需实行人车分离才可保证效率。货物方面还需在港内配置与铁路口岸相同的查验设施。而船舶方面，海南铁路公司拟购买12艘高速客滚船用于旅客运输。是否购买全新火车轮渡则还未决定。
因此2025年铁路轮渡将全面实行人车分离：终到海口的旅客列车，在北港进行上落客后折返，乘客通过海关后换乘高速渡轮前往南港，后换乘市郊列车前往海口各车站换乘海南环岛动车组（操作类似于港铁东铁线）。而因特殊需求列车需直通三亚的，亦可在清客后同时进行海关查验和车辆解挂编。待到达后再行上客开车。
此后海南岛内理论上已无与内陆地区的直通旅客列车，同时海南省内城市轨道交通尚处于规划阶段。因此为实现四网融合创造了有利条件：互联互通，统一管理，共享资源，支付兼容等（如海口规划城际铁路和城市轨道交通共享线路走廊），乃至于海南省内铁路脱离广州局集团自立门户（几年前曾写过一篇帖子专门讨论此类问题）（当然鉴于全国铁路一张网策略无法脱离国铁集团）
当然不确定因素有两个：
一是交通部对于高速客滚船的态度：交通运输部曾因安全原因于2018年否决海峡航运将两艘高速客滚船投入琼州海峡运营的申请，因而对于铁路高速客滚船的前景仍不明朗。
二是封关的不确定性：如无法在2025年的时间表完成封关，对于高速列车换乘而言情有可原。而对于普速列车，没了海关这道强制措施，普速下车换乘看起来像是“多此一举”。效率固然提高了但就营运成本和旅客体验来讲是个问题：对于普速列车的受众来说是不是意味着折磨呢？